Mentre il mondo è orfano di Superman (Brandon Routh), in una lussuosa villa il cacciatore di dote Lex Luthor (Kevin Spacey), sotto lo sguardo esterrefatto di parenti e amici, si accaparra l'eredità di un'anziana miliardaria in fin di vita. Eredità che investirà nella ricerca della Fortezza della solitudine, trovata la quale scoprirà e si impadronirà dei segreti del supereroe e del suo letale punto debole, la Kryptonite.

Superman torna dopo sei lunghi anni di assenza nei quali è andato in cerca del suo pianeta d'origine. Il ritorno non sarà affatto indolore: oltre alle morte del padre, l'ater ego Clark Kent troverà un mondo deluso dalla sua fuga e il suo amore, la reporter Lois Lane (Kate Bosworth), sposata e con un figlio, nonchè pronta a vincere un Pulitzer per un articolo "Perchè il mondo non ha bisogno di Superman" che rispecchia il pensiero di un'umanità che si sente profondamente tradita e delusa dal suo eroe. Superman torna al suo destino di sentinella e protettore dei più deboli, mentre Luthor con la sua nuova scoperta e lo studio della potentissima tecnologia aliena di Krypton ha un paio di obiettivi da raggiungere, ditruggere la sua nemesi e conquistare il mondo.

Nell'ultima scena del precedente episodio della saga Superman IV, Superman dice a Luthor: "Ci vediamo tra vent'anni". La scena è stata girata nel 1986, esattamente vent'anni prima dell'uscita di Superman Returns.