Nella Tebe del 1719 a.C. il sacerdote Imhotep (Arnold Vosloo) e la principessa Anck-Su-Namun (Patricia Velasquez) uccidono il faraone Seti (Aharon Ipalé) ma quando gli uomini di quest'ultimo iniziano a dar loro caccia Anck si uccide, sapendo che, grazie all'uso del "Libro dei Vivi" e del "Libro dei Morti", Imhotep la riporterà in vita. Scoperto mentre cerca di far rivivere la principessa della quale è innamorato tramite la lettura di una preghiera, Imhotep è punito per il suo sacrilegio, viene mummificato vivo e rinchiuso in un sarcofago.

Nel 1921, durante una spedizione di studiosi in Egitto, di cui fanno parte Rick O'Connell (Brendan Fraser), giovane legionario, Evelyn (Rachel Weisz), una bibliotecaria e Jonathan (John Hannah), suo fratello, le ricerche portano alla luce la tomba del sacerdote, e, accanto al suo sarcofago, il papiro contenente la preghiera in grado di resuscitare i morti. Uno dei membri della spedizione legge casualmente ad alta voce la preghiera dando di nuovo vita al sacerdote, che fugge.

Dieci anni dopo Imhotep, nascosto sotto le spoglie di Ardeth Bey (Oded Fehr), aiuta una nuova spedizione archeologica alla ricerca della tomba della principessa. Il suo segreto scopo è di ricongiungersi alla sua amata...