Al termine delle prime 12 puntate, Erica (Elizabeth Mitchell) era riuscita dopo varie peripezie a impedire al Visitatore Capo di utilizzare un'intera nuova generazione di Visitors per ridurre l'umanità in schiavitù. Sconvolta e in preda a sentimenti del tutto umani, Anna (Morena Beccarin) trasformava il cielo in un ammasso di nubi scatenando sulla terra una misteriosa pioggia rossa capace di rendere fertili i deserti.

Ed è proprio da questo momento che riprende la narrazione della vicenda: cos'è quella pioggia? Si tratta di un dono ai terrestri oppure di un ennesimo passo verso l'invasione? Saranno la solita Erica e la new entry, il dr. Sidney Miller (Bret Harrison), a scoprire cosa si cela dietro il miracoloso regalo dei Visitatori.

Nel corso della stagione la Quinta colonna dovrà fare i conti con la paternità di Ryan (Morris Chestnut), a renderlo decisamente più malleabile, e i tentennamenti di Joshua (Mark Hildreth) che tornerà tra le fila degli accoliti di Anna, a sua volta sempre più condizionata dall'influenza delle emozioni umane. Tra i misteri che ci hanno accompagnato durante la prima serie sapremo anche perché Anna si sia dimostrata tanto interessata al figlio di Erica; molto avrà da regalarci infine la dinamica familiare madre-figlia che si innescherà con l'arrivo inaspettato di Diana (Jane Badler), la madre di Anna.